A 3 Dimenziós molekulatervezés automatizálása egy webes portálrendszeren keresztül

Készítette: 
Müller László
Abstract: 
A technikai fejlődés során mindig is szerette volna az ember megkönnyíteni a számításokat, bizonyos adatokkal való műveleteket, így már az első "számítógépek" is az adatokkal, a számokkal való manipulációt, műveletvégzést segítették. Mára a weboldalak képességei és a JAVA alapú 3 dimenziós (3D) megjelenítők olyan szintre jutottak, hogy megvalósíthatóvá vált egy a 3D-s molekulatervezés automatizálását elősegítő portálrendszer megalkotása, mellyel megkönnyíthetjük például a számítógépes gyógyszertervezést (Computer Aided Drug Designt (CADD)) is. Az összetett informatikai fejlesztési feladat első lépéseként az SZTE Kémiai Informatika Tanszéken alkalmazott ab initio számítások automatikus kiértékelését, adatbázisba rendezését tűztük ki célul. Az ab initio számításokból többek között a molekulák egyensúlyi geometriája és termokémiai sajátosságai is meghatározhatók. Az egyik legelterjedtebben használt ab initio programcsomag a Gaussian03 [1]. A Gaussian03 által létrehozott output fájlból kellett az adatokat kigyűjteni automatikusan, majd ezeket az adatokat eltárolni, hozzáférhetővé tenni és a molekula 3D-s képét megjeleníteni. Az adatokat eddig manuálisan kellett megkeresni és kigyűjteni, majd létrehozni egy formátumot, amit például a ChemCraft [2] nevű programban meg lehet jeleníteni. A ChemCraft platform független grafikus program a kvantumkémiai számítások kiértékeléséhez, mely megjeleníti az eredményeket és új számolásokat indíthatunk vele. Jellemzően sok hasonló programhoz ez a program is csak korlátozott ideig használható ingyenesen. Ezen időigényes feladatok megkönnyítése érdekében született meg az ötlet, hogy fejlesszünk ki egy ingyenesen használható, így bárki (különösen a hallgatók) számára hozzáférhető és könnyen kezelhető portálrendszert. A számítógéppel támogatott gyógyszertervezés lényege, hogy a már ismert vegyületek molekuláris tulajdonságait (felépítés, csoportok, hatás, hatásmechanizmus, kinetika, stb.) adatbázisokba rendszerezik, a meglévő információ alapján matematikai modelleket lehet felépíteni a szerkezet-hatás kapcsolat kvantitatív vizsgálatára. A munkánk célja olyan adatbázis alapjainak a megteremtése, amely a jelenleg elérhető legpontosabb elméleti szinten számított adatokkal tölti fel az adatbázist, természetesen a számolások folyamatosan is végezhetők, illetve az elméleti módszerek változását is követni lesznek képesek: így folyamatosan a számítási és módszer kapacitások határainak kiterjedését az adatbázis követni fogja.
Témavezető: 
Dr. Viskolcz Béla
Képek: 
Készült: 
2008
4.5
Your rating: None Average: 4.5 (2 votes)